Regelrecht befreiend für den jungen Carl war schließlich seine Collegezeit in Madison. Dort studierte er vom 17. bis zum 22. Lebensjahr Landwirtschaft. Das Geld zur Finanzierung des Studiums musste er sich übrigens selbst verdienen. Dort verliebt er sich auch erstmals in Helen Elliot.
Später stellt er jedoch fest, dass Landwirtschaft offensichtlich doch nicht das Richtige für ihn ist und entschließt sich zu einem Theologiestudium. Diesen Entschluss fasste er deshalb, weil er einer von Zehn war, die am christlichen Weltstudententreffen in Peking teilnehmen durften, welches ihn sehr beeindruckte. Durch viele theologische Gespräche wurde bei diesem 5-monatigen Treffen sein religiöses Weltbild gravierend geändert. Er war nun der Meinung, dass jeder Mensch seine eigene Religiosität finden müsse. Das missfiel den Eltern natürlich sehr. Der Konflik mit den Eltern war vorprogrammiert. Für Carl war dies so schlimm, dass er starke körperlich darunter litt und aufgrund von Unterleibsschmerzen sogar operiert werden musste.
Carl koppelt sich immer mehr von seinen Eltern ab und schafft es schließlich auch, durch ein gewinnbringendes Geschäft in China, sich von diesen unabhängig zu machen. Seine Bindung zu Helen wird immer intensiver, as ihm zudem Halt gibt. 1924 heieratet er sie schließlich gegen den Willen seiner Eltern.
Schließlich entschließt sich Carl Rogers dazu, am sehr liberal geltenden "Union Theological Seminary" in New York Psychologie zu studieren. Das missfällt den Eltern noch mehr. Der Vater will aus seiner Sicht den Schaden begrenzen und bietet an, die Studienfinanzierung zu übernehmen, wenn Carl statt dessen am konservativen Princeton Seminary studiert. Carl setzt sich aber letztendlich mit seinem Plan durch. Zum Bruch mit den Eltern kommt es jedoch nicht, da sein Vater nun endlich einlenkt und erkennt, dass er ansonsten seinen Sohn komplett verliert. Der Vater zeigt sich sogar bei der Hochzeit von Carl und Helen sehr großzügig.
Während seines Studiums wir er mit der Reformpädagogik vertraut und veranstaltet daraufhin Kindergottesdienste und Diskussionsgruppen für Jugendliche. Neben der Psychologie studiert er auch Pädagogik und Theologie. Nach und nach stellt er fest, dass seine Kerninteressen im Bereich der Psychologie liegen und wendet sich mehr und mehr von dem Gedanken, Pfarrer werden zu wollen, ab.
Er wechselt zur Pädagogischen Hochschule in New York und belegt Kurse in Klinischer Psychologie. Dort promoviert er schließlich auch. Seine Doktorarbeit hatte des Titel "Messung der Persönlichkeit bei 9- bis 13-Jährigen".